不同凍干機性能差別很大，與干燥速率相關的性能主要是冷阱溫度，凍干倉和冷阱之間的壓力差大小。

壓力差由凍干倉中的物料和冷凝器間溫差決定，兩者間溫差越大，壓力差就越大，水蒸汽由凍干倉向冷凝器方向流動的速度也越快，干燥時間就越短，所以冷阱溫度高低是影響運行成本的重要因素。但以較高能耗為代價獲得較低的冷阱溫度仍會增加運行成本，所以能源消耗指標也很重要。此外凍干機的真空度變化和熱傳導能力也對運行成本產生一定影響。

控制預凍速度，也能夠影響干燥速率。預凍速度快，冰晶粒細小，已干層孔隙細密，水分子穿越已干層流動的阻力大，影響干燥速度。適當降低預凍速度，使冰晶粒粗大，已干層孔隙大將有利于水蒸汽流動，提高干燥速度。

而在干燥中后期，隨著產品已干層厚度的增加，使冰層表面受熱愈加困難，干燥速度減緩，在真空環境里空氣稀薄，傳導和輻射是對產品冰層加熱的主要方法，提高傳熱量是加快干燥速度方法。